После смерти Павла Третьякова управление галереей перешло к Совету попечителей, избираемому городской думой. В состав совета в разное время входили известные деятели искусства и коллекционеры: Валентин Серов, Илья Остроухов, Иван Цветков, Сергей Щербатов, Игорь Грабарь, а также Александра Боткина — дочь Павла Третьякова. В 1903 году в галерее впервые были выставлены образцы иконописи.
После революции 1905 года по решению Совета попечителей в Третьяковской галерее был оборудован отдельный зал с портретами художников-демократов: Василия Перова, Ивана Крамского, Иллариона Прянишникова, Ильи Репина, Василия Сурикова, а также других деятелей искусства, занимавшихся развенчиванием официальной истории царской Руси.